El programa se desarrolla en la sede de Hasbro Studios ubicada en Los                                                     Ángeles, Estados Unidos, donde se encuentra la mayor parte del equipo                                                                de guionistas. Por otra parte, el equipo de animación realiza su trabajo                                                                 en los estudios de DHX Media, en Vancouver, Canadá.

Parte del equipo de escritores de Lauren Faust había trabajado con ella en                                                           sus shows anteriores los cuales fueron aprobados por Hasbro. Estos incluían                                                   a Amy Keating Rogers, Cindy Morrow, Meghan McCarthy, Chris Savino, Charlotte Fullerton, MA Larson, y Dave Polsky.

El guion comenzó con Faust y Renzetti, donde ambos realizaban sesiones de lluvia de Ideas con el escritor de cada episodio, lo que permitía a este tener un mejor dominio de las escenas y diálogos. Faust y Renzetti siguieron trabajando con los escritores para finalizar las secuencias de comandos donde a su vez asignaba algunas instrucciones básicas para el storyboard. Hasbro, quien estaba involucrado en todo este proceso, estableció algunos conceptos para que estos fuesen incorporados en el programa.

En algunos casos, Hasbro solicitó que se incluyeran algunos ajustes, sin embargo, permitió a Faust y su equipo crear el estilo visual del programa acorde a su criterio. Faust también tuvo que dirigirse a la E/I (Educational and Informational), la cual es una serie de requisitos que fueron promulgadas en el marco de la Ley de Televisión Infantil estadounidense de 1990. Estos estándares fuero requeridos por Hasbro para poder emitir la serie.

Cada programa también incluye generalmente una lección moral o de vida, por lo cual se optó a que estas "pudieran cruzar el amplio espectro de experiencias personales", y que dichas lecciones no sólo pudiera adaptarse a los niños, sino a cualquier tipo de público.

Debido a cuestiones de propiedad intelectual, Hasbro perdió parte de los derechos de algunos nombres originales de los ponis, por lo cual hoy se puede apreciar que el programa incluye una mezcla de personajes originales de la línea de juguetes y otros personajes nuevos desarrollados para la serie.

Cuando se concluyó el guion, este fue enviado a Studios-B para la pre-producción y animación utilizando Adobe Flash Player. Thiessen quien para ese entonces era parte del equipo de producción, también se le permitió seleccionar al personal clave sujeto a la aprobación de Hasbro, siendo así como Thiessen eligió al director de arte Ridd Sorenson.

Posteriormente al equipo de Studio B desarrollo los storyboard y los scripts, donde tendrían que preparar las poses de los personajes, el arte, y otros elementos principales y enviar estas versiones al equipo de producción en Los Ángeles para su revisión por Hasbro y a la espera de algunas sugerencias de parte de los escritores.

Una vez que el trabajo de pre-producción es aprobado y completado, el episodio es animado. Aunque Studio B realizó el trabajo de animación inicial, los últimos pasos fueron traspasados Top Draw Animation en Filipinas, que había trabajado en la última parte de la temporada 1 y más allá.

El casting de voz y la producción estuvieron a cargo de Voicebox Productions, con Terry Klassen como director de voz de la serie. Faust, Thiessen, y otros, participaron en la selección de los actores de voz, siendo Hasbro quien diera la aprobación final. El trabajo de voz se realiza antes de la animación, con los animadores en la habitación para ayudar a proporcionar la dirección.

La música de fondo de la serie está compuesta por William Kevin Anderson y Daniel Ingram. El equipo de producción identifica las partes específicas del episodio donde quieren pistas de música, lo que permite a Anderson crear música apropiada para cada una. Por su parte Daniel Ingram, un confeso admirado de Stephen Sondheim, se encarga de las canciones que se presentan en la serie, las cuales han sido alabadas por la crítica. La canción "El Arte Del Vestido" que aparece en el episodio «Vestida para el Éxito» de la primera temporada, se inspira en la melodía Putting It Together del musical Sunday in the Park with George. En ese mismo episodio, la melodía del final se basa en el musical Into the Woods de Stephen Sondheim. Ingram también ha homenajeado a otros compositores, como se puede ver en el episodio «"La Super Veloz Exprimidora De Manzanas 6000"» de la segunda temporada, donde se rinde homenaje con la canción Ya Got Trouble del musical The Music Man de Meredith Willson.

Antes de que el programa fuese aprobado, Hasbro y Faust habían planeado tener episodios de 11 minutos de duración. Sin embargo, Faust prefirió los tradicionales 22 minutos de duración, a lo cual Hasbro finalmente accedió.

Las etapas iniciales de producción fueron muy engorrosas debido a la distancia entre las oficinas de redacción de Los Ángeles y el estudio de animación en Vancouver. Faust estima que el tiempo necesario para completar un episodio tenía un promedio de un año, por lo que el equipo estaba trabajando simultáneamente en las distintas etapas de los 26 episodios de la primera temporada, y cuando la segunda temporada fue aprobada, esa cifra se elevó temporalmente a 32. Los episodios luego salían al aire alrededor de un mes después de su finalización. Thiessen explicó que habían empezado a trabajar en la segunda temporada tan pronto como la primera fue terminada, para evitar la rotación de personal.

Cerca del final de la primera temporada, Faust anunció que dejaría el programa, y para la segunda temporada dejó el cargo de Productor Ejecutivo, para convertirse en consultor de producción. Su participación en la segunda temporada se compone principalmente de la concepción de la historia y scripts, a pesar de su menor participación.